Klinický obraz transsexualismu je charakterisován dvěma stěžejními příznaky, a to: somatickým a psychickým. Po stránce somatické jde o muže nebo ženu s normálně fungujícím a anatomicky správně vyvinutým pohlavním aparátem. Byly však pozorovány anatomické odchylky na skeletu a v rozložení tukové tkáně heterosexuálního rázu. Sex chromatinový nález dle Baara vždy odpovídal danému fenotypu. Po psychické stránce cítí postižená osoba kontrérně sexuálně, muž se cítí a považuje za ženu, žena za muže. Z této psychosexuální identifikace – kontrérní k somatickému fenotypu – prýští úsilí uuplatnit se v občanském životě podle svého cítění, nikoliv dle somatického pohlaví. Prvním krokem k realisaci tohoto úsilí jest heterosexuální odívání – transvestice, vyhledávání práce a povolání, jež je převážně heterosexuální a tím nutně dochází ke konfliktům s okolím. Příčinu těchto konfliktů hledají transsexuálové ve svém somatickém pohlaví, které považují za omyl přírody a proto své somatické pohlaví přímo nenávidí.

Transsexuál požaduje na svém okolí uznání osobnosti, kterou navenek representuje, nikoliv kterou de facto je. Cítí-li se jako žena, očekává a požaduje, aby byl jako žena respektován v každém ohledu, cítí-li se jako muž, očekává, že bude s ním jednáno jako s mužem a to v každém směru, jak ve společnosti tak i na pracovišti. Ježto okolí brzo postřehne skutečný stav, dochází zpočátku k různým narážkám, což transsexuálovi ztrpčuje život, způsobuje mu psychickou depresi.

V sexuálním životě jsou transsexuálové eroticky zaměřeni na osoby svého somatického pohlaví, tj. homosexuálně, resp. tribadicky. Konformně se svým kontrérně sexuálním cítěním a svou psychosexuální pohlavní identifikací usilují, aby se této identifikaci též somaticky přizpůsobili. Prvním krokem k tomu je to, že se i na veřejnosti objevují jako transvestité, usilující o změnu jména, o změnu záznamu pohlavní příslušnosti v matrice a docílí-li povolení ku transvestici a změny jména, touží uzavříti sňatek s vyvoleným partnerem stejného pohlaví, což se jim někdy podaří docílit.

Dalším charakteristickým znakem transsexuálů je snaha dosáhnout operativní přeměny genitálu a tím shody se svou psychickou identifikací pohlaví. Touha po přeměně genitálu je u některých transsexuálů tak intensivní, že dochází mnohdy k automutilaci, případně k sebevraždě. Tato touha po přeměně pohlavních orgánů – kterou dr. Vague označil jako „un désir obsedant" – je zároveň diferenciálně diagnostickým příznakem, kterým se transsexuálové odlišují od ostatních sexuálních aberací: od transvestitů, fetišistů a homosexuálů, kteří nikdy neusilují o operativní přeměnu svého genitálu.