Podle Benjamina a Walindera jde o morbus sui generis, Cauldwell mluví o psychopathologii transsexuální. Dorey navrhuje termín: psychosexuální inverse s transvestitismem. Etiologie a pathogenesa transsexualismu není objasněna. První se o příznacích transsexualismu zmínil v roce 1838 Esquirol, který mluví o monománii, Kraft-Ebing mluví o přechodném stupni, směřujícímu k sexuální paranoi.

Podle hypothesy Hirschfelda – kterou převzali Maranon, Hamburger, Benjamin a Klotz – jde o kongenitální anomalii původu genetického nebo endokrinního.Decourt však udává, že zkoumáním sexchromatinu dle Baara bylo bez výjimky zjištěno pohlaví konformní se somatickým stavem.

Po somatické stránce nenacházeli někteří autoři žádné úchylky u transsexuálů, Vague však pravidelně nacházel úchylky při srovnání rozložení tukové tkáně a při srovnání rozměrů biacromiálních se zevními rozměry pánve. Pokud jde o vylučování hormonů, nejsou výsledky jednoznačné.

Podle jiných autorů je transsexualismus považován za duševní poruchu, aktivovanou v dětství. Jako příčina se uvádí narušené rodinné prostředí, chybná výchova, podmíněná touhou matky po dítěti opačného pohlaví.

Z uvedeného vyplývá, že ani etiologie ani pathogenesa transsexualismu není známa. Po stránce terapeutické budiž stručně připomenuto, že léčení psychiatrické, psychologické a psychoanalytické, endokrinní i interní nepřineslo valného úspěchu. Pokud jde o léčení chirurgické, nejsou pozdní následky „sex conversion operation" dosud – pro krátkou dobu pozorování – dostateně známé. Rozhodně chirurgickou cestou přeměněné pohlavní orgány u transsexuálů nelze označit jako terapii causální. Zda jde o terapii paliativní, ukáže teprve budoucnost.

Ze soudně lékařského hlediska zahrnuje transsexualismus několik problémů:
a) medicínský
b) juridický
c) sociální
d) společenský